Der Kleine Wasserfrosch bevorzugt zur Fortpflanzung kleine bis mittelgroße, üppig bewachsene, möglichst nährstoffarme Stillgewässer, die sich sowohl im Offenland als auch im Wald befinden können. Im Vergleich zu seinen nächsten Verwandten, Teich- und Seefrosch, von denen er nur schwer zu unterscheiden ist, weist er keine so enge Bindung an Gewässer auf. So ist er vor allem außerhalb der Paarungszeit regelmäßig in größerer Entfernung vom Wasser anzutreffen und meidet auch die Wälder nicht.
Im Gegensatz zu vielen anderen Amphibien, die nur in den Abendstunden oder nachts ihre Paarungsrufe ertönen lassen, ist das lautstarke Konzert des Kleinen Wasserfrosches, ebenso wie bei den beiden anderen „Grünfroscharten“ auch, am Tage zu vernehmen. In Deutschland gilt der Kleine Wasserfrosch als gefährdet, da er vom Menschen stärker überformte Lebensräume meidet.