Auf Grund der geringen Nachweisdichte der Art in Deutschland ist die fachliche Abgrenzung einer lokalen Population sehr schwierig. Flächen, von denen Nachweise der Birkenmaus vorliegen sind als Lebensraum einer lokalen Population anzusehen. Die Abgrenzung einer lokalen Population kann anhand von Strukturen und der Landnutzung erfolgen. Ungeeignete Lebensräume (z.B. große Siedlungs- und Gewerbeflächen oder ausgedehnte wenig gegliederte Ackerlandschaften) sowie lineare Ausbreitungsbarrieren (z.B. breite Fließgewässer, Straßen mit hohem Verkehrsaufkommen) stellen die Grenzen dar.

In ihrem geographisch kleinen Vorkommensgebieten ist die Birkenmaus vor allem durch großflächige Nutzungsänderungen mit Vernichtung der Pflanzendecke oder Veränderung der Pflanzenartenzusammensetzung und Veränderungen des Grundwasserspiegels gefährdet.